Ο Νίκος Κοτζιάς διετέλεσε Υπουργός Εξωτερικών σε μια δύσκολη περίοδο για την Ελλάδα. Ο ίδιος πιστώνεται με το γεγονός ότι προσέδωσε έναν στρατηγικό προσανατολισμό σε μια ετερόκλητη συγκυβέρνηση, αποτελούμενη από ένα αριστερό κόμμα, χωρίς έμπειρα στελέχη και επεξεργασμένες θέσεις για την εξωτερική πολιτική, πέραν των παραδοσιακών καταγγελιών του δυτικού ιμπεριαλισμού, και ένα δεξιό εθνικιστικό συνεταίρο.
Αντίθετα, ο Κοτζιάς είχε θέσεις και συγκροτημένη επιχειρηματολογία για να τις υπερασπίζεται με επάρκεια. Άλλωστε διαθέτει μακρά εμπειρία περί των διεθνών, τόσο από τις σπουδές του όσο και από την προηγούμενη θητεία του ως εμπειρογνώμονας του Υπουργείου Εξωτερικών, στενός συνεργάτης του Γιώργου Παπανδρέου και καθηγητής διεθνώς σχέσεων στο Πανεπιστήμιο Πειραιώς.
Για την αντιπολίτευση υπήρξε δύσκολος αντίπαλος, όπως αποδείχτηκε στη διάρκεια της συζήτησης της Συμφωνίας των Πρεσπών στη Βουλή. Αλλά και η συνύπαρξή του με τον πρωθυπουργό, Αλέξη Τσίπρα, δεν ήταν ανέφελη. Ήταν ίσως ο λιγότερο ελεγχόμενος από το Μαξίμου υπουργός εξωτερικών της μεταπολίτευσης, έχοντας κατακτήσει ένα σημαντικό βαθμό ελευθερίας στην άσκηση της εξωτερικής πολιτικής.
Λέγεται, μάλιστα, ότι διοίκησε το υπουργείο του με πρωτόγνωρη πυγμή, ενίοτε και αυταρχισμό. Η βασική υπηρεσία που πρόσφερε ήταν ότι επιβεβαίωσε, πέραν κάθε αμφιβολίας, τον δυτικό προσανατολισμό της χώρας. Ουδέποτε οι σχέσεις της Ελλάδας με τις Ηνωμένες Πολιτείες και το Ισραήλ δεν ήταν καλύτερες.
Κάποιοι τον κατηγορούν ότι τορπίλισε την προσπάθεια του Κύπριου Προέδρου, Νίκου Αναστασιάδη, για λύση του Κυπριακού. Άλλοι για ανεπαρκή διαπραγμάτευση με τον ομόλογό του από την ΠΓΔΜ, Νίκολα Ντιμιτρόφ, παραχωρώντας τη μακεδονική γλώσσα και εθνικότητα, ενώ θα μπορούσε να περιορίσει τη συμφωνία αυστηρά στο όνομα του κράτους.
Ο ίδιος πίστεψε στη Συμφωνία των Πρεσπών αλλά στην πορεία ίσως κατάλαβε ότι η προσέγγιση του πρωθυπουργού ήταν περισσότερο εργαλειακή. Η αποχώρησή του διευκολύνει αυτή την εργαλειοποίηση. Ο ίδιος, τέλος, μπορεί τώρα να προσβλέπει σε μια τρίτη καριέρα, μετά το ΚΚΕ και το ΥΠΕΞ, ως ένας διεθνής γκουρού της βαλκανικής διπλωματίας.